Inoltre, sempre secondo la lettera inviata dalla Commissione europea, il Governo italiano non ha correttamente eseguito la Valutazione d''incidenza del progetto Ponte sullo stretto di Messina riguardo a due Zone di Protezione Speciale (Zps). Il Wwf aveva segnalato le aree a rischio, richiamate nella nota di “messa in mora” dalla Commissione europea, che, a causa della costruzione dei piloni, dei cantieri, delle strutture aeree del ponte e dei depositi delle terre da scavo, avrebbero subito un impatto pesante sia sul versante siciliano che calabrese: le Zpz di Capo Peloro-Laghi di Ganzirri (dove sono presenti oltre 400 specie acquatiche di cui 10 endemiche), Dorsali Curcuraci-Antennammare (area istituita per la presenza di 33 specie prioritarie), le Iba Monti Peloritani e Costa Viola (collo di bottiglia dei migratori europei, in particolare falconiformi, 34.000 gli individui che passano in soli due mesi di 32 specie diverse). Visti i rilevi riguardanti in particolare le aree di Capo Peloro - Laghi di Ganzirri e la Costa Viola (aree dove dovrebbero sorgere i piloni del ponte) e i Monti Peloritani (su cui impattano le strutture aeree del ponte), se la procedura si concludesse con il deferimento alla Corte di Giustizia europea, l''Italia sarebbe obbligata a mettere in un cassetto l''attuale progetto, che e stato posto a base di gara, e ri-elaborare un proposta radicalmente diversa da quella attuale.
Le Direttive europee su Habitat e Uccelli obbligano gli stati membri ad attuare tutte misure necessarie per prevenire il disturbo e il danno all''avifauna protetta in particolari aree naturali e l''area dello Stretto di Messina coincide con una delle tre rotte più importanti d''Europa per moltissime specie come uccelli rapaci, cicogne, gru e altre specie migratorie. Se si intende realizzare un''opera all''interno di queste aree (denominati Zps e Sic) questa deve essere sottoposta a Via e a Valutazione d''incidenza.
Nell’estate 2004, fra l’altro, il Wwf Italia aveva presentato un dossier di 85 pagine di denuncia contro la mancata Valutazione di incidenza. “Ora dovrebbe seguire una risposta del Governo italiano che, se non soddisfacente, potrebbe portare la Commissione Europa a deferire l''Italia alla Corte Europea il che obbligherebbe a presentare un progetto preliminare radicalmente diverso da quello attuale e riavviare le procedure di valutazione e autorizzative con rischi di sanzioni pecuniarie e sospensione di contributi europei - afferma Gaetano Benedetto, segretario aggiunto del Wwf Italia - E poiché ora diventano “viziati” sia il giudizio di compatibilita ambientale positivo del Ponte reso dal Cipe sia il parere positivo della Commissione speciale sulle infrastrutture strategiche reso sul progetto preliminare elaborato dalla Stretto di Messina SpA, ci saranno dei riflessi sull''affidamento al general contractor, capeggiato da Impregilo, della progettazione definitiva ed esecutiva e della realizzazione del ponte e delle opere connesse”.
Il Tar Lazio e il Consiglio di Stato avevano respinto i ricorsi delle associazioni ecologiste basandosi proprio sugli argomenti che la Commissione di Bruxelles ritiene fondati.
La bocciatura europea segue di pochi giorni quella sul Mose di Venezia e altre undici nuove procedure per violazione delle normative ambientali avviate dalla Commissione europea contro l''Italia (una per i decreti attuativi della Via, una per mancanza di cooperazione con la Commissione da parte del Governo italiano, con violazione dell''articolo 10 del Trattato che regola i rapporti tra la stessa e gli Stati membri). Nel maggio scorso la Commissione di Bruxelles aveva inviato richieste di informazioni per undici casi, seguite da un sollecito nel mese di luglio, ai quali l''Italia non ha mai risposto. Stavros Dimas, Commissario responsabile dell''ambiente, aveva detto: “Nonostante i precedenti ammonimenti, l''Italia non rispetta completamente la normativa ambientale comunitaria o non coopera adeguatamente per quanto concerne le nostre richieste di informazioni. Le autorità italiane devono adottare rapidamente le misure necessarie affinché i cittadini italiani e l''ambiente del loro paese possano beneficiare della protezione sancita dal diritto comunitario”.